根据国务院关于省以下工商行政管理机关实行垂直管理的决定，衢州市工商行政管理局是隶属于省工商行政管理局的直属机构，履行本行政辖区内市场监管和行政执法工作职责。
一、职能调整
（一）划入的职能
原由质量技术监督部门承担的流通领域商品质量监督管理职能，划归工商行政管理部门。
（二）划出的职能
将指导广告业发展的职能交给当地经济贸易委员会。
（三）转变的职能
将引导个体、私营经济发展的职能，交给市个体劳动者协会和私营企业协会。
二、主要职能
根据以上职能调整，市工商行政管理局的主要职责是：
（一）宣传、贯彻国家的有关方针政策，组织实施有关工商行政管理法律、法规，依法组织开展行政执法工作。
（二）依法组织管理各类工商企业、外商投资企业、个体工商户和其他从事生产经营活动单位的注册登记，依法核定注册单位名称，审定、批准、颁发有关证照并实施监督管理。
（三）依法组织监督检查市场竞争行为，查处垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销等经济违法违章行为、取缔无照经营。
（四）依法组织监督市场交易行为，组织监督流通领域商品质量，组织查处假冒伪劣等违法行为，受理和处理消费者举报投诉，保护经营者、消费者合法权益。
（五）依法对各类市场经营秩序实施规范管理和监督。
（六）依法组织管理经纪人、经纪机构。
（七）依法组织实施合同行政监管，组织管理动产抵押物登记，组织监管拍卖行为，查处合同欺诈等违法行为。
（八）依法对广告进行监督管理，查处违法违章行为。
（九）依法组织商标管理工作，组织查处商标侵权行为，保护商标专用权，推荐省著名商标。
（十）依法组织监管个体工商户、个体合伙和私营企业的经营行为。
（十一）领导和管理县（市、区）工商行政管理局工作；指导与工商行政管理业务有关的社会团体的工作。
（十二）承办省局交罗的其他事项。